Vitenskapen er i dag trygt etablert som den beste måten å kvalitetssikre, og oppnå ny kunnskap på. Det betyr selvsagt ikke at vitenskapen slik den praktiseres i dag, ikke har svakheter.
Det har den. Betydelige. Men alle andre metoder for erkjennelse har både de problemene vitenskapen i dag har, samt en hel rekke andre i tillegg. Likevel er det grunn til å se kritisk på måten store deler av forskningen foregår på i dag.
En utfordring for vitenskapen er veksten i oppdragsforskning. Det finnes flere eksempler på hvordan oppdragsgivere bevisst forsøker å påvirke forskningsresultatene. Et norsk eksempel er hvordan Arbeidsdepartementet i 2010 forsøkte å manipulere Sintef til å endre konklusjonene i en forskningsrapport. Sintef kunne ikke avdekke at det norske sykefraværet var spesielt stort sammenlignet med andre land. Den konklusjonen var oppdragsgiveren mindre fornøyd med. I dette tilfellet varslet forskeren om det hun syntes var et overtramp. Det vi ikke kjenner til er hvor mange tilfeller vi har hvor forskeren føyer seg, hvor påvirkningen er mer subtil, eller rett og slett hvor forskeren bevisst eller ubevisst har oppdragsgiveren i bakhodet mens forskningen utføres, og rapporten/konklusjonene formuleres.
En kvantitativ studie fra 2010 på forskningsresultater innenfor medisin (Bourgeois, Murthy og Mandl), viste at av industrifinansierte studier viste 85 prosent effekt av medisinen som ble testet, mens offentlig finansierte studier ga positivt resultat på bare 50 prosent - av de samme medisinene.
Like viktig for forskningen og hva som framstår som den vitenskapelige konsensusen på et felt, som selve forskningsresultatene, er hva som publiseres. En såkalt «publication bias» er veldokumentert. Både fra tidsskriftenes side, og fra forskernes side vil man være villig til å legge litt mer arbeid i å få publisert «spennende» forskningsresultater og forskningsresultater som bekrefter en teori man ønsker å framsette, enn man vil med forskningsresultater som er mer «kjedelige», eller som ikke bekrefter teorien din. Enkeltstudier gir ofte relativt lite informasjon (et statistisk avvik kan f.eks. være årsaken til resultatet). Man er derfor avhengig av metastudier, eller systematiske review-artikler som gjennomgår all forskning på et felt for å skaffe seg noenlunde sikker kunnskap. Når ikke all forskning publiseres vil derimot resultatet av disse gjennomgangene kunne bli skjevt.
Den britiske legen Ben Goldacre har i boken «Bad Pharma» sett på dette innen medisinen. La oss se på et av eksemplene han trekker fram:
I 2008 besluttet en gruppe forskere å sjekke publiseringen av alle forsøk som var blitt rapportert til US Food and Drug Administration (FDA) for alle antidepressiva som kom på markedet mellom 1987 og 2004. Forskerne fant 74 studier totalt, som representerer 12500 pasienter. 38 av disse studiene hadde positive resultater, og fant at den nye medisinen virker, 36 var negative. I virkeligheten var altså studiene som viste effekt og ikke, jevnt fordelt.
Deretter lette forskerne etter disse studiene i den publiserte vitenskapelige litteraturen, det materialet som er tilgjengelig for leger og pasienter. Dette ga et helt annet bilde. 37 av de positive studier - alle unntatt én - ble offentliggjort i sin helhet, ofte med mye fanfare. Forsøkene med negative resultater hadde derimot en helt annen skjebne: bare tre ble publisert. 22 ble aldri publisert, mens elleve som hadde negative resultater i FDA-sammenheng, ble publisert som positive. Her ser vi altså en kombinasjon av manipulering av forskningsresultatene (statistisk «knaing» av data for å få fram et annet resultat enn det rent vitenskapelige), og en manipulering av publiseringen gjennom systematisk å unnlate å publisere negative forsøk.
En påvirkning av innholdet i det enkelte forskningsresultat vil selvsagt være en manipulering av forskningen, men likeledes vil en bevisst eller ubevisst manipulering av hva som publiseres eller ikke i fagfellevurderte tidsskrifter være en manipulering av hva som er den samlede forskningsstatusen på et felt, og det vil i sin tur manipulere resultatene av metastudier som oppsummerer og konkluderer på statusen av forskningen på et felt. Dette er særlig alvorlig fordi det er disse studiene som ofte brukes som grunnlag for avgjørelser, både på hvilke legemidler som godkjennes og på ulike politiske vedtak.
Nå kan det jo være at legemiddelindustrien er en av «verstingene», men det er ingen grunn til å tro at mekanismer som dukker opp i medisinsk forskning, ikke også opptrer i andre deler av vitenskapen.
Dette er en utfordring som bør løses. En mulighet er at institusjoner pålegges publiseringsplikt på sine forskningsresultater, og at kun forskningsresultater fra slike institusjoner kan tas inn i metastudier og systematiske review-artikler. Alle slike aktører må likevel også ha strenge retningslinjer som sikrer forskningens frihet og uavhengighet og hindrer påvirkning fra utenforstående (oppdragsgiver, politiske interesser etc.) på forskningsresultatene og presentasjonen av dem. Spørsmålet er om dette kan oppfylles i praksis for institusjoner som er økonomisk avhengig av nye forskningsoppdrag. I så måte er en sterk offentlig grunnfinansiering uten bindinger den eneste måten å garantere fri forskning på.