Gutten, som er av afghansk opprinnelse, var en venn av den nå avdøde gjerningsmannen David Sonboly. Han er mistenkt for å ha unnlatt å informere politiet om Sonbolys planer, melder Reuters.
– Vi mistenker at han var klar over det som skulle skje, opplyser tysk politi søndag kveld.
Ni mennesker ble drept da 18 år gamle Sonboly fredag åpnet ild ved og på kjøpesenteret Olympia i München.
Pågripelsen av 16-åringen er den første politiet gjør i forbindelse med massakren.