Skolebussen ble truffet av et tog ved en planovergang i Millas, rundt 18 kilometer vest for byen Perpignan torsdag ettermiddag.
Totalt ble 19 mennesker skadd, sju av dem alvorlig. Ofrene skal være mellom 13 og 17 år.
En redningsoperasjon ble satt i gang på ulykkesstedet, som ligger nær grensa til Spania.
Ifølge lokale medier var det den bakre delen av bussen som ble truffet.
– Alle mine tanker går til ofrene for denne forferdelige skolebussulykken, samt deres familier. Staten er i full beredskap for å hjelpe dem, tvitrer Frankrikes president Emmanuel Macron.