De slår alarm tirsdag, én måned etter at tyske myndigheter gikk ut med lignende informasjon. Steinkobben er blant de vanligste selartene.
– Så langt i år har rundt 3.000 steinkobber dødd i svenske og danske kystområder, de var trolig infisert av svineinfluensaviruset H10N7, sier svenske kystmyndigheter i en uttalelse.
Viruset ble først oppdaget blant syke og døde steinkobber i april, på kysten sørvest for Göteborg. Dødstallene ble funnet å være langt høyere enn ventet.
I oktober hadde antallet steinkobber som var døde av viruset blitt anslått til rundt 700, men forskere sier nå at størstedelen av de døde dyrene har sunket i havet.
De mener at størstedelen av alle svenske seler har blitt infisert, men at majoriteten har utviklet antistoffer som har beskyttet dem. Selbestanden i Sverige anslås til å være på rundt 10 000.
Seint i november gikk myndighetene i den nordtyske regionen Schleswig-Holstein ut og kunngjorde at 1600 av rundt 13 000 seler der hadde mistet livet som følge av H10N7-viruset.
Også i Norge og Nederland har det dukket opp dødsfall blant sel lenket til fugleinfluensa.