Episoden, som beskrives som en «fiendtlig aksjon», fant sted 23. august.
– Hellas brukte sitt S-300-missilsystem på Kreta rettet mot tyrkiske F-16-jagerfly som fløy i 10.000 fots høyde vest for Rhodos, hevder kilder i det tyrkiske forsvarsdepartementet.
Begge land er medlem i Nato. Handlingen er uforenlig med tanken bak Nato-alliansen og utgjør en fiendtlig handling, ifølge kilden. De tyrkiske flyene gjennomførte likevel sine planlagte oppdrag og returnerte til basen, tilføyer kilden.
Kilder i det greske forsvarsdepartementet avviser anklagene.
– Hellas' S-300 missilsystem har aldri satt lås på tyrkiske F-16-jetfly, sier kildene ifølge den greske kringkasteren Ert.
Tyrkia har de siste månedene klaget over det de kaller provoserende handlinger fra Hellas og sier at slike grep undergraver fredsinnsatsen.
Det spente naboskapet har ført til langvarige konflikter angående sjø- og luftgrenser. Det har ført til nesten daglige luftvåpenpatruljer og avlyttingsoppdrag, hovedsakelig rundt greske øyer nær Tyrkias kystlinje.