Det er første gang Spotify tar i bruk retningslinjene, som sier at en artists oppførsel kan resultere i at selskapet endrer hvordan artisten promoteres i strømmetjenesten.
51 år gamle R. Kelly, som egentlig heter Robert Sylvester Kelly, anklages for å ha begått grove seksuelle overgrep mot unge kvinner og jenter over flere tiår. Men han er aldri blitt dømt, og musikeren har avvist anklagene.
Les også: Spotify vil bruke 75 prosent mindre mobildata
I slutten av april krevde Time's Up-bevegelsen, som startet i kjølvannet av en flom av overgrepsanklager i underholdningsindustrien, at alle anklager mot R. Kelly etterforskes skikkelig. Samtidig ba de musikkindustriens tungvektere om å kutte forbindelsene til artisten.
R. Kelly har på verdensbasis solgt mer enn 40 millioner album og vunnet tre Grammy-priser. Musikken hans vil fortsatt være tilgjengelig på Spotify.
Kelly hadde torsdag kveld ikke kommentert Spotifys beslutning.
Les også: Spotifys børsåpning ble en hit
Spotifys nye retningslinjer omhandler "hatefullt innhold og hatefull oppførsel". Sistnevnte defineres som oppførsel som er spesielt skadelig, slik som vold mot barn og seksuell vold.