Etter at ilden hadde blusset opp i snekker Rønnings gård i Jomfrugata, spredte brannen seg raskt i den tette bebyggelsen i området og videre fra kvartal til kvartal. I løpet av kvelden og natten brente 314 bolighus ned, dvs. 1/3 av byen, og omkring 3000 mennesker sto uten tak over hodet.
Brannen ødela det meste av bebyggelsen nord for Dronningens gate og øst for Munkegata. Men bryggene i Kjøpmannsgata ble reddet. Her fungerte den brede branngata mellom bolighus og brygger som den skulle, i motsetning til i Fjordgata, der hele bryggerekken strøk med.
Det som bybrannen i 1841 ikke klarte, sørget imidlertid senere branner for. Den gamle bryggerekken i Kjøpmannsgata ble opp gjennom årene tynnet ut når enkelte brygger eller deler av rekken ble lagt i aske. Den største ulykken kom i oktober 1967 da hele bryggerekken nedenfor Bakke bru, på ei brygge nær, gikk tapt i en voldsom og ustyrlig brann.
Vel 15 år etterpå kom et nytt kraftig anslag mot denne langstrakte bebyggelsen langs elva. Natt til 3. november 1983 kom det brannmelding fra bryggene sør for Bakke bru, og snart sto Kjøpmannsgata 63, 65 og 67 i flammer. Dette var de eldste gjenværende bryggene i hele rekken, og byen sto i fare for miste flere verdifulle bygninger. Bare drøyt to måneder i forveien hadde de store, gamle militære magasinene i Erkebispegården brent ned.
Brannen i november 1983 pågikk i sterk vind, og gnister og brannflak blåste over elva og påtente to bygninger på Nordre Verft. Heller ikke disse var det mulig å berge, mens branntilløp på taket av Bakke kirke og flere steder på Møllenberg ble slukket etter iherdig innsats av brannvesenet og frivillige krefter. En spredning til Kjøpmannsgata 61 og videre sørover i bryggerekken ble også forhindret. Brannsjef Gunnar Aadne Solbakken slo etter brannen fast at Trondheim aldri hadde vært så nær en stor katastrofe i moderne tid.
Men tapet av de tre antikvarisk verdifulle bryggene i Kjøpmannsgata var i seg selv et smertefullt tap. Flere bedrifter ble rammet, blant dem tre innen møbelbransjen. På branntomtene ble det etter hvert reist tre nye kontor- og forretningsbygg i en bryggelignende stil, slik at bryggerekkens form ble ført videre i en moderne fasong.