I en 41 sider lang kjennelse torsdag avviste alle tre dommerne en anmodning fra israelske og palestinske rettighetsgrupper. De ba om at militæret begrenser bruken av skarpskyttere mot demonstrantene som protesterer på grensen.
Justitiarius Esther Hayut godtok myndighetenes argument om at demonstrantene ikke var fredelig innstilte sivile, men en del av en «væpnet konflikt» mellom Israel og islamistbevegelsen Hamas.
Hayut la til at til tross for avgjørelsen, burde militæret fortsette sin interne undersøkelse av hendelser og prosedyrer.
Mandag 14. mai ble over 60 ubevæpnede demonstranter på Gazastripen drept av israelske soldater. FNs høykommissær for menneskerettigheter, Zeid Ra'ad Al Hussein, uttalte i ettertid at Israels bruk av makt synes å være gjennomgående uproporsjonal i forhold til trusselen demonstrantene utgjør.
– Demonstrantene alene ser ikke ut til å utgjøre en trussel som kan rettferdiggjøre Israels bruk av dødelig makt, sa Al Hussein.
I retten argumenterte gruppene med at internasjonal lov forbyr bruken av dødelig makt mot ubevæpnede demonstranter. Ifølge det israelske militæret er det å skyte med skarpt en siste utvei når andre metoder ikke fører fram.
Over en periode på seks uker har sammenstøtene på Gazastripen krevd over hundre liv. I etterkant har FN, EU og en rekke andre land, krevd en uavhengig gransking. Foreløpig har dette kravet blitt stanset av USA.