De fleste barna kom fra Eritrea, Egypt, Gambia og Nigeria, viser tall fra FNs barnefond, som kaller økningen alarmerende.
Flertallet av barna var gutter i tenårene, men antallet mindreårige jenter øker også. De er svært utsatt for seksuelle overgrep, advarer UNICEF.
Les også: 182 mindreårige asylsøkere har forsvunnet fra mottak
– Disse tallene viser en alarmerende trend der stadig flere svært sårbare barn risikerer livet for å komme til Europa, sier Lucio Melandri i UNICEF til Reuters.
Les også: - De vi redder, er kalde, forknytte og veldig glade når de ser oss
– Dagens systemer beskytter ikke disse barna, som ender opp alene i helt fremmede omgivelser, sier han.
I 2016 ankom det 181.000 båtflyktninger til Italia, de fleste av dem afrikanere som hadde betalt libyske menneskesmuglere for å frakte dem over Middelhavet. Dette var 20 prosent flere enn året før.
Les også: «Siem Pilot» reddet 737 migranter fra 28 ulike land
Over 5.000 flyktninger og migranter omkom i forsøk på å krysse Middelhavet i fjor, en økning på 34 prosent fra året før, viser tall fra Den internasjonale organisasjonen for migrasjon (IOM).