Tacloban ble svært hardt rammet av tyfonen Haiyan for et drøy år siden.
Titusenvis av troende hadde møtt fram i sterk vind og kraftig regn for å delta på messen paven holdt.
Pave Frans sa at han umiddelbart etter tyfonen bestemte seg for at han måtte besøke Filippinene.
Etter messen besøkte han ofre for tyfonen, melder BBC.
Pavens besøk til Filippinene er del av en seks dager lang Asiareise.
Tyfonen Haiyan er den kraftigste stormen som noen gang er registret over land, og den raserte rundt 90 prosent av byen Tacloban og over 14,5 millioner mennesker i seks regioner ble rammet. Rundt en million er fortsatt hjemløse.