– Jeg ber det japanske folk til å gjøre det dere kan for å beskytte deres liv, sier statsminister Shinzo Abe.
Han oppfordrer folk til å evakuere i tide. Over 300 000 mennesker i den vestlige delen av landet har fått beskjed om at de bør evakuere. Nesten 600 flyginger er innstilt.
Jebi traff vestkysten tirsdag midt på dagen lokal tid. Japanske meteorologer har advart om mulige jordskred, flom, stormflo, lynnedslag og tornadoer.
Uværet traff land i nærheten av områder som ble rammet av flomkatastrofen som kostet over 220 mennesker livet i begynnelsen av juli.
Gigantby rammes
Jebi er den kraftigste tyfonen i Japan siden 1993, ifølge meteorolog Ryuta Kurora ved den nasjonale værvarslingen i Japan.
På morgenen tirsdag lå stormen 90 kilometer utenfor kysten, og allerede da hadde den vindkast på opptil 60 meter per sekund.
Det vedvarende vindstyrken er blitt målt til 45 meter per sekund. 33 meter per sekund regnes som grensen for orkan.
Osaka, en av verdens største byer, er blant dem som får merke uværet. Det gjør også Kobe og Kyoto.
Flom og hetebølge
Det er ventet opptil 500 millimeter nedbør i Tokai-regionen og 400 millimeter i regionene Kinki og Kanto, som omfatter Tokyo, fram til onsdag morgen.
En rekke barne- og ungdomsskoler er stengt av sikkerhetshensyn. Myndighetene advarer om bølger på opptil tolv meter.
I løpet av sommeren ble Japan rammet av to ekstreme værhendelser. Flommen og jordskredene i starten av juli, landets verste værkatastrofe på mer enn tre tiår, ble utløst av rekordkraftig regn.
Kort tid senere ble landet utsatt for en hetebølge som kostet over hundre mennesker livet. I byen Kumagaya steg gradestokken til 41,1 grader – den høyeste temperaturen registrert i Japan noen gang.