Guterres oppfordret også alle parter i det fattige vestafrikanske landet til å avstå fra voldsbruk.
– Generalsekretæren er dypt bekymret over utviklingen i Burkina Faso, sier Guterres talsperson Stephane Dujarric.
Situasjonen i landet er uklar etter at offiseren Ibrahim Traore sto fram på TV fredag og sa at styrker under hans ledelse hadde tatt makten i landet.
Lørdag hevdet kuppmakerne at den avsatte lederen av den tidligere juntaen, Paul-Henri Sandaogo Damiba, hadde søkt tilflukt i en fransk base i Kamboinsin.
– Han planlegger en motoffensiv for å skape problemer for våre forsvars- og sikkerhetsstyrker, het det i uttalelsen.
Franske myndigheter avviser meldingen om at Damiba er på en fransk base.