Advarselen kommer etter at heftige stormer med nedbør og skybrudd kostet minst tolv mennesker livet i Italia, Frankrike og Østerrike torsdag.
Blant dem som mistet livet, var to fire og åtte år gamle jenter som fikk trær over seg ved en innsjø i Lavent-dalen i Østerrike. 13 mennesker, mange av dem turister, ble skadd.
Den tyske værtjenesten DWD advarer mot «ekstremt kraftig og langvarig regn» langs Alpene. Det ventes opptil 140 millimeter nedbør over de neste 48 timene, og bayerske Røde Kors har satt redningstjeneste og helikopterflygere i beredskap.
Stormværet kommer etter en langvarig tørkeperiode på flere måneder fra Polen til Portugal. Den harde og sprukne jorda har dermed liten evne til å ta unna store mengder nedbør, med flom og oversvømmelser som sannsynlig resultat.