Planen omfattet tre nye, langstrakte kaianlegg på oppfyllinger utenfor det daværende havneanlegget. Pir I og Pir II skulle anlegges vest for elveutløpet og en tredje pir skulle bygges på Nyhavna, øst for elva. Samtidig skulle Nidelvas utløp legges om og forlenges, i en nordøstlig retning mellom Pir II og den nye piren på Nyhavna.
Tyskerne forholdt seg til denne planen i sine store anlegg på Nyhavna under krigen, mens en videre realisering av havneplanen kom i gang helt på slutten av 1940-tallet. I november 1949 ble de første synkekassene av betong satt ned på det som skulle bli Pir II. Dessuten kom det i gang oppmudring av grunnene utenfor Lamofjæra, der elva skulle tømme seg i fjorden etter at utløpet var lagt om.
Helt frem til 1952 var Pir II ei øy i fjorden utenfor elvemunningen. Den ble stadig lengre, med en solid, støpt kaimur mot øst og en spunset kaifront mot øst. Bredden var 83 meter, og lengden ble etter hvert over 700 meter. Sommeren 1952 ble Pir II gjort landfast med Kai 7 innenfor og kunne totalt måles til 892 meter. Mellom kaimurene var 500000 kubikkmeter fyllmasse kommet på plass, og det kunne bygges en permanent atkomstvei og legges jernbanespor. Snart ble det bygd lagerskur, og Havnevesenet reiste i 1956 det store Havnelager B. Ytterst på piren bygde Trondheim Fryse- og Kjølelager noen år senere et anlegg som mot slutten av 1960-tallet ble leid ut til Frionor.
I 1972 foregikk det utvidelser av Pir II, fortsatt etter den opprinnelige havneplanen, som hadde fastsatt 137 meter som en fremtidig bredde på piren. Ved utfylling i enden mot fjorden, ble Pir II også gjort lengre. Kaiene på begge sider fikk stadig flere anløp av lasteskip – og av Hurtigruten som i noen år fikk fast kaiplass her. Samtidig pågikk store utfyllingsarbeider på Pir I, slik at det oppsto et havnebasseng mellom de to pirene. Innerst i dette bassenget ble det anlagt en moderne «roll-on/roll-off»-kai for lasting og lossing av containerskip.
Pir I overtok på 1990-tallet som fast anløpssted for Hurtigruten. Men virksomheten på
Pir II er like stor for det; her foregår stadig det gamle samspill mellom sjøverts og landverts transport.