En talsmann for hæren sa at flere kjøretøy som ble brukt i moskeangrepet fredag kveld, var ødelagt.
Videre angrep flyene «terrorist» -steder der våpen og ammunisjon ble oppbevart, sa talsmannen Tamer el-Refai.
Ifølge den statlige avisen Al-Ahram har egyptiske sikkerhetskilder oppgitt at flere mistenkte allerede er drept.
Sent fredag lovet president Abdel-Fatah al-Sissi et nådeløst motsvar på angrepet som begynte kort etter middagsbønnen i moskeen al-Rawda rundt 40 kilometer vest for provinshovedstaden al-Arish nord på Sinai.
Avisen Al-Masry Al-Youm skrev at mer enn 20 maskerte bevæpnede personer deltok i angrepet og at de brukte automatrifler.
Det er erklært tre dagers landesorg etter angrepet, som ingen terrorgruppe så langt har påtatt seg ansvaret for.