Det er første gang den russiske lederen har erkjent at russiske soldater ble utplassert på halvøya før annekteringen.
– Vi måtte ta uunngåelige skritt for å forhindre en utvikling lik den vi nå ser sørøst i Ukraina, sa Putin.
– Våre tropper støttet selvfølgelig opp om selvforsvarsstyrkene på Krim, sa han.
Innrømmelsen kom i forbindelse med en årlig fjernsynsseanse der Putin svarte på spørsmål fra vanlige folk.
Putin fastholdt imidlertid at russiske soldater ikke er aktive i aksjonene som nå pågår øst i Ukraina. Påstander om dette er «nonsens», sa han.
Ukraina mener på sin side å ha beviser for at væpnede prorussiske demonstranter i virkeligheten er profesjonelle russiske soldater.
Ifølge Putin står Ukraina «på randen av stupet».
– Bare gjennom dialog, gjennom demokratiske prosedyrer, og ikke ved bruk av væpnede styrker, stridsvogner og fly, kan ro og orden gjenopprettes i landet, sa Putin da torsdagens seanse ble innledet.
– Det er veldig viktig i dag å tenke på hvordan man skal komme seg ut av denne situasjonen, sa han.
Putin kritiserte samtidig regjeringen i Ukraina sterkt for å ha brukt militærmakt mot prorussiske demonstranter.