Trondheim Havn IKS er et interkommunalt selskap som eies av 13 kommuner: Trondheim, Malvik, Stjørdal, Orkdal, Frosta, Verdal, Levanger, Inderøy, Steinkjer, Verran, Leksvik, Frøya og Namsos.
Havnevirksomheten er underlagt reguleringer i havneloven.
Selskapets sist kjente årsberetning, styreberetning og årsregnskap er fra 2015. Da var selskapets driftsinntekter 135 millioner kroner. Av dette kom 32 millioner fra havnevirksomhet, mens 99 millioner kom fra andre inntekter, det vil i hovedsak si inntekter fra utleie av eiendommer.
Eiendommene i Trondheim Havn hadde i 2015 en bokført verdi på 692 millioner kroner, men den reelle markedsverdien kan være mange milliarder. De største juvelene er eiendommene på Brattøra og Nyhavna i Trondheim. Dette er blant de aller mest verdifulle tomteområdene nord for Dovre.