Mohammed Ben Sulayem anklages for å ha grepet inn for å få annullert en tidsstraff som Aston Martin-føreren Fernando Alonso ble ilagt i løpet.
Saken er sendt til FIAs etiske komité.
Alonso ble gitt en ti-sekunders straff for arbeid som ble gjort med bilen hans mens han sonet en tidligere fem-sekunders straff.
Ifølge en varsler skal Mohammed Ben Sulayem ha «forventet» at juryen ville trekke tilbake straffen mot Alonso.
Førstkommende helg er det igjen Formel 1-løp i Saudi-Arabia.