Her hadde sjøforsvaret store magasinbygninger til oppbevaring av båter og ulike former for materiell og utstyr. Lenge var hele elvebredden øst for Elgeseter bro bebygd. I en lengde av godt over 100 meter sto tre langstrakte, hvite magasiner i en sammenhengende rekke. Under krigen, en tid etter at det gamle militære anlegget var overtatt av tyskerne, brøt det ut brann i en av bygningene om kvelden 15. november 1941. Magasinene var på det tids-punkt tatt i bruk til generelle lagerskur, og det ble blant annet holdt griser i et av dem. Brannen spredte seg raskt til de to andre magasinene, og alle tre brant ned til grunnen.
På bildet fra 1966 er tomten etter de tre marinebygningene fortsatt synlig, litt til venstre for midten av bildet. Lenger øst på Marinen sto stadig fire militære magasinbygg igjen. Dette var alle sjaluppskur og huset i mange år fra tidlig på 1800-tallet kanonbåter, såkalte sjalupper, og andre mindre båter. De to siste av disse skurene ble revet i februar 1968, mens andre militære bygninger nærmere Gamle Bybro, blant dem befalsmessen (dagens Nidaros Pilegrimsgård), ble stående. Antikvariske myndigheter var inne i bildet før riving av skurene, men anså dem å være av liten antikvarisk verdi. Derimot ble det sett som en fordel at man nå fikk fri utsikt mot elva fra von Hüths bastion bakenfor.
Utover i 60-årene forelå det ideer og planer om forskjellig bruk av denne elvebredden. Marinemuseum, campingplass, parkeringsplass, småbåthavn og friluftsbad med 50-meters utendørsbasseng var noe av det som ble foreslått – uten at noe av dette ble realisert. Marinen var fortsatt militært område, forvaltet av Distrikts-kommando Trøndelag, men publikum hadde fått adgang til å spasere her til visse tider av døgnet allerede fra 1961. At noen av sentrumsskolene la gymnastikktimene hit sommers tid, hadde den lokale militære ledelse imidlertid liten sans for.
På slutten av tiåret overdro Forsvaret store deler av Marinen til kommunens disposisjon. Tomtene etter sjaluppskurene og de øvrige magasinene langs elva ble etter dette opparbeidet som et sammenhengende parkmessig område slik det ligger i dag.