Johan Ernst Gunnerus (1718-1773) kom til Trondheim i 1758 for å ta over bispestolen etter Frederik Nannestad. Det var opplysningstid og økonomisk vekst, og Trondheim ble sentrum for den vitenskapelige bevegelsen i landet.
Interessen for vitenskap og filosofi fikk Gunnerus av sin far. Etter skolegangen i fødebyen Kristiania, fortsatte han å studere i København. Men mesteparten av den vitenskapelige utdannelsen fikk han i Halle og Jena i Tyskland, der han også virket som lærer og filosofisk-teologisk forfatter. I 1754 ble han utnevnt til teologiprofessor ved universitetet i København. Et år senere ble han presteviet.
40 år gammel var Gunnerus på plass som biskop i Trondhjems stift. Han var også veldig interessert i ulike naturvitenskaper og var en stor samler. I Sverige hadde Carl von Linné banet nye veier, og skriftene hans ble av stor betydning for Gunnerus. Erik Pontoppidan, tidligere biskop i Bergen, var også et stort forbilde og fikk innflytelse på Gunnerus’ vitenskapelige utvikling. Gunnerus ga ut en rekke vitenskapelige skrifter, blant annet Flora Norvegica. Dessuten samlet han norske ord og folkeminner.
I Trondheim kom han snart i kontakt med rektor Gerhard Schøning og etatsråd Peter Frederik Suhm som tilhørte byens vitenskapelige miljø. Dette samarbeidet førte til opprettelsen av Det trondhjemske selskab i 1760. Det var det første lærde selskap i Norge, og formålet var å drive vitenskapelig aktivitet og spre lærdom til allmennheten. I 1767 fikk selskapet kongelig godkjenning og fikk da navnet Det Kongelige Norske Videnskabers Selskab. Gunnerus hadde håpet at arbeidet skulle føre til et eget norsk universitet, men det skjedde ikke i hans levetid.
