Peter Motzfeldt ble født på Stubban i Orkdal i 1777. Han var sønn av kaptein Ulrik Anton Motzfeldt og Birgitte Andrea Bull. Selv fikk han sin militærutdannelse i København og ble fenrik i 1791.
I 1802 ble han som løytnant sendt til St. Thomas i Dansk Vestindia for å gjøre tjeneste. Året etter ble han kaptein samme sted. Her ble han også gift med Erneste Birgitte Margrethe Stenersen, som var datter av den danske byfogden på øya.
Da engelskmennene erobret kolonien i 1807, ble Motzfeldt tatt til fange og sendt til England. I 1809 var han igjen tilbake i Norge, snart som visekommandant ved Bergenhus festning. I 1814 ble han valgt som representant til Riksforsamlingen på Eidsvoll for både artilleribrigaden og Bergen by. Han var en av de ivrigste forkjemperne for norsk selvstendighet og stemte mot unionen. Nå forlot Motzfeldt den militære løpebanen og ble politiker og statsråd. Fra 1816 til 1822 var han sjef for Armédepartementet, deretter 15 år for Revisjonsdepartementet (Finansdepartementet), og han la grunnlaget for Riksrevisjonen. Han var en standhaftig selvstendighetsmann, og det var med glede kong Carl Johan tok imot avskjedssøknaden hans i 1837.
Motzfeldt var ekspert på mellomrikske forhold i unionen og ble i 1839 formann i den første unionskomiteen, men trakk seg tilbake etter to år. Han ble hedret med Serafimer- og Sverdordenen, og døde i Oslo i 1854, 77 år gammel.
Flere av Motzfeldts sønner gjorde karrière; blant annet ble Ulrik Anton Motzfeldt jurist og politiker, og Ketil Johansen Melstad Motzfeldt ble statsråd og landets første generalpostdirektør.
