Skjelvet fant sted klokken 8 mandag morgen lokal tid.
To menn i 80-årene omkom i byene Ibaraki og Osaka, mens en ni år gammel jente mistet livet i byen Takatsuki. Alle tre døde etter å ha blitt truffet av sammenraste vegger.
Skjelvet førte også til at rundt 170.000 boliger i og rundt Osaka mistet strømmen, samt full stans i togtrafikken.
Talsperson for myndighetene Yoshihide Suga sa like etter skjelvet at det ikke var meldt om store skader på verken eiendom eller mennesker. Men i timene etter skjelvet har antallet omkomne og skadde økt.
Den japanske kringkasteren NHK melder at over 200 mennesker er skadd.