Ytre høyre-republikaneren Greene har lite støtte innad i sitt eget parti, og framtredende demokrater hadde på forhånd sagt at de ville beskytte republikaneren Johnson for å unngå en reprise av kaoset etter Kevin McCarthys avgang i oktober.
Representanter fra begge partier sluttet seg sammen og stemte 359 mot 43 stemmer for å beholde Johnson.
Greene sto onsdag side om side med partifellen Thomas Massie og rettet kritikk mot Johnson for en rekke kompromisser med Demokratene, som har flertall i Senatet.
Greene omtalte forklaringer på kompromissene om at det er slik man må styre når partiene deler makten som «patetiske, veike og uakseptable».
– Selv med vårt syltynne republikanske flertall kunne vi i det minste ha sikret grensa, sa Greene.
Forslaget hennes om å be Johnson trekke seg fikk kun støtte fra to andre republikanske representanter: Massie og Paul Gosar.
Johnson har hisset på seg mange av sine mest ytterliggående partifeller ved å inngå tverrpolitiske kompromisser for å unngå nedstengninger av statsapparatet og å gi støtte til Ukraina uten å koble dette direkte til strenge sikkerhetstiltak langs grensa mot Mexico, som Demokratene motsetter seg.
Republikanerne har flertall 217 mot 213 i Representantenes hus.