Den jevnlige utskiftingen av personell i Minusma-styrken ble stanset i midten av juli, på grunn av bekymringer for sikkerheten.
– Minusma har gått med på nye prosedyrer og kommunisert dem til alle som bidrar med soldater. Det vil ikke bli gjort unntak, sier utenriksminister Abdoulaye Diop lørdag.
FN-talsperson Myriam Dessables sier at «rotasjonen gjenopptas fra mandag».
Nyheten kommer dagen etter at Tyskland stanset rekognoseringsflygninger og helikoptertransporter til Mali etter at Minusma ble nektet å bruke landets luftrom.
Diop sier de ulike kontingentene tidligere har måtte søke direkte til Malis myndigheter om flytillatelse.
– Heretter skal alle forespørslene gå via Minusma, som vil sende dem videre til utenriksdepartementet sier han.
Rotasjonen av soldater stanset 14. juli, fire dager etter at Mali arresterte 49 soldater fra nabolandet Elfenbenskysten. Soldatene ble senere beskrevet som leiesoldater som hadde til hensikt å styrte militærjuntaen som har styrt Mali siden 2020. Elfenbenskysten sier soldatene ble sendt som forsterkninger til Minusma.
FN-styrken har innrømmet at det har vær uregelmessigheter i forbindelse med utplassering av soldater fra nabolandet.