Leger forteller at de nå behandler folk for diaré, hudinfeksjoner og andre vannbårne sykdommer.
– Når vannet ligger stille, spres flere vannbårne sykdommer. Dødstallene kommer definitivt til å øke, sier Abdullah Fadil fra FNs barnefond Unicef til nyhetsbyrået TT.
En tredel av Pakistans areal ble lagt under vann i ekstremflommen. 33 millioner mennesker er berørt, nesten en million boliger er ødelagt og over tusen mennesker er døde.
Statsminister Shehbaz Sharif sa tirsdag at flommen er den verste i Pakistans historie.
At Pakistan rammes av oversvømmelser i monsuntiden, er i utgangspunktet normalt. Men i år har nedbørsmengdene vært dobbelt så store som de pleier å være.
Både forskere, FN og pakistanske myndigheter har slått fast at klimaendringene har gjort ekstrem monsun-nedbør mer sannsynlig. FN har kalt årets flom en klimakatastrofe.
I mars ble Pakistan og India rammet av tørke og rekordhøye temperaturer. Også hetebølgen er blitt knyttet til klimaendringene av forskere.