Flere hundre flyktningerer har stilt seg i kø for å kjøpe togbilletter til Østerrike og Tyskland, melder nyhetsbyrået Reuters.
Tidligere på dagen ba ungarske myndigheter Tyskland om å klargjøre om flyktninger og migranter har lov til å reise fritt i Schengen, til tross for at mange av dem ikke har reisedokumenter eller visum.
Tyskland sier at flyktninger må registrere seg og søke asyl i Ungarn, og at det ikke er satt opp ekstra tog for å frakte de
Ungarske myndigheter har ikke forklart hvorfor politiet har trukket seg bort fra togstasjonene.
Mange flyktninger har den siste tiden tatt seg inn i Ungarn fra naboland som Serbia og Romania, som ikke er med i Schengen-samarbeidet.
Mandag ankom rundt 2500 migranter fastlandet fra de greske egeiske øyene. De fleste av dem kommer fra Syria.
Søndag kveld kom en annen båt til havn i Hellas med 1.745 migranter, opplyser kystvakten til nyhetsbyrået DPA.
De egeiske øyene ligger mellom Fastlands-Hellas og Tyrkia.