Besøket vil vare fra onsdag til fredag, skriver Nato i en pressemelding.
Stoltenberg og Trudeau skal torsdag blant annet inspisere Nato-landene Canada og USAs felles varslingssystem for angrep fra luften og en arktisk forskningsstasjon.
Fredag besøker de en forsvarsbase i Cold Lake i provinsen Alberta, der de skal møte høytstående canadiske tjenestepersoner og folk fra både det canadiske forsvaret og sivilsamfunnet.
Canada har i likhet med en lang rekke vestlige land gitt Ukraina støtte siden Russland invaderte landet i februar.