I samtalen med Lapid understreket Scholz at han «fordømmer ethvert forsøk på å fornekte eller relativisere holocaust», sier regjeringstalsmannen Steffen Hebestreit.
Abbas' uttalelse var utålelig og fullstendig uakseptabel Scholz personlig og for hele den tyske regjeringen, heter det videre.
Pressekonferanse i Berlin
Den palestinske presidentens uttalelse falt under en pressekonferanse med Tysklands statsminister Olaf Scholz i Berlin tirsdag.
Abbas fikk spørsmål om han ville beklage den palestinske terroraksjonen under OL i München i 1972, noe han avviste å gjøre.
– Hvis du vil snakke om fortiden, så sett i gang. Jeg har 50 nedslaktinger Israel har begått, sa han og anklaget Israel for å ha begått holocaust flere ganger mot palestinerne.
Scholz så forskrekket ut da han hørte Abbas svare, men han kom ikke med noe umiddelbart svar. Det har ført til kritikk fra Tysklands konservative opposisjon. Scholz kom senere med kritikk.
Lapids kontor har bekreftet samtalen. Derfra heter det at Scholz gjentok sin avvisning og fordømmelse av Abbas' uttalelse.
– Statsminister Lapid takket ham, både som Israels statsminister og som sønnen av overlevende fra holocaust, heter det i en uttalelse.
Anmeldelse
Abbas er anmeldt av en etterkommer av holocaustoverlevende for å ha bagatellisert holocaust, skriver Bild.
En talskvinne for politiet i Berlin sier til avisa at en spesialavdeling i delstatspolitiet har innledet en etterforskning som i starten omhandlet en mistanke om hatefulle ytringer.
Det tyske utenriksdepartementet sier til Bild at de hadde inntrykk av at Abbas hadde diplomatisk immunitet siden han var på et offisielt besøk til Tyskland.
Men strafferettsekspert Michael Kubiciel sier at det ikke er hvorvidt Abbas var på offisielt besøk eller ei som avgjør om han har immunitet, men om han var i Tyskland som «representant fra en annen stat».
Dette kan igjen gjøre at det blir relevant om Palestina anses som en stat eller ei, sier han til Bild. Tyskland er blant landene som ikke anerkjenner en palestinsk stat.