Seieren betyr at Miami-klubben, som har David Beckham på eiersiden, beholder plassen på toppen av tabellen i den østlige avdelingen i Major League Soccer.
I lørdagens kamp måtte riktignok Messi og lagkameratene tåle en tidlig nesestyver da forsvarsspilleren Franco Negri scoret selvmål etter kun to minutter i Fort Lauderdale.
Gerardo Martinos mannskap har dermed spilt 11 kamper på rad uten å holde nullen.
I stedet utlignet Messi da Luis Suárez (37) tok rollen som servitør i det 11. minutt. To minutter deretter utnyttet Messi slurvete forsvarsspill fra Nashville, men skuddet som fulgte gikk utenfor stolpen.
Messi hadde en fot med i spillet rundt alt Inter Miami skapte lørdag.
Seks minutter før pause scoret Messis tidligere Barcelona-lagkamerat Sergio Busquets (35) sitt første mål i MLS. Messi slo innlegget som Busquets omsatte i scoring med et fint hodestøt ved nærmeste stolpe.
Tomas Totland scoret sitt første mål i Major League Soccer da han ble redningsmann for St. Louis i 3-3-kampen mot Kansas City lørdag. Høyreback Totland signerte for MLS-klubben i desember i fjor. 24-åringen fra Bergen forlot da Häcken.